Po stránce historické se řadí mezi nejstarší místa kraje. Je zmiňována od 13. století, kde ji v tehdejších mapách najdete pod jménem Curdieiow.
Nejstarší známky osídlení Kurdějovského údolí pochází z doby bronzové a železné. Při stavebních prácích v roce 1931 zde byly nalezeny pozůstatky sídliště kunětické kultury a hrob se dvěma náramky z kultury laténské.
První zmínka o Kurdějovu je z r. 1286, kdy patřil Lvu a Kadoltu z Boleradic, kteří prodali zábrdovskému klášteru 2 lány ve vinohradní hoře se všemi užitky za 50 marek stříbra.
Na počátku 14. století se dostává Kurdějov do držení pánú z Lipé. V té době se zde usadili novokřtěnci. Jejich hlavní činností bylo vinohradství a ovocnářství, které bylo odedávna výnosným zdrojem obživy zdejších obyvatel. Po smrti Jindřicha z Lipé, moravského zemského hejtmana, v r. 1329, jej dědili synové Jindřich, Jan, Perchtold a Čeněk. V listině z 13. ledna 1346 se uvádí, že jmenovaní bratři se dohodli, aby "veškeré víno, které se v horách kurdějovských urodí, bylo na 4 díly rozděleno, aby žádný z nich krácen nebyl". Tak vysoce bylo ceněno zdejší víno. Páni z Lipé zůstali vrchností Kurdějovských až do r. 1594, kdy je prodal Jan z Lipé spolu s hodonínským panstvím, kam Kurdějov patřil, hraběti Juliovi ze Salm-Neuburgu za 310 000 zlatých moravských.
Původně byl Kurdějov slovanskou osadou, což dokládají privilegia zdejších vrchností od r. 1491. Všechna jsou sepsána českým jazykem s výjimkou jednoho latinského od Viléma z Pernštejna, které si v r. 1615 rychtář a starší dědiny Kurdějova nechali od purkmistra a rady města Brna přeložit do češtiny.
Teprve privilegium od Bedřicha z Oppersdorfuz r. 1671 je německé a obec nazvána Gurdau. Kdy byla obec osídlena Němci, není možné s určitostí říci, lze se domnívat, že se tak stalo postupně od poloviny 16. století, kdy sem začalo pronikat augšpurské náboženství. Příčinou byl také příchod nových obyvatel z Rakouska a Německa, které panstvo z tamějších svých statků přivádělo, aby dosídlili obec, když byla za nepřátelských nájezdů několikrát vypleněna a obyvatelé povražděni a odvlečeni.
Kurdějov, stejně tak jako celý zdejší kraj, trpěl častými nepřátelskými nájezdy. Smrt a zkázu Kurdějovu přinesly cizinecké bandy, zejména v sedmnáctém století, které celkově pro obec bylo zřejmě tím nejsmutnějším. V r. 1605 je zaznamenán menší vpád Turků a Tatarů. Hůře se vedlo Kurdějovu v r. 1623, kdy vojska sedmihradského knížete Betlena Gábora vyplenila a vypálila obec, mnoho obyvatel povraždila a přes 400 osob odvlekla do otroctví. Rok poté Kurdějov napadli Poláci, vzápětí je následoval Bethlen Gábor ze Sedmihradska s hordou Maďarů, Tatarů a Moldávců v patách, kteří vesnici vypálili a zajali přes 400 jejích obyvatel. Roku 1643 se situace opakovala, tentokrát však drancovali Švédové. Dílo zkázy dokonala o dva roky později morová epidemie. K tomu v roce 1662 zmrzly všechny vinohrady i obilí a na Kurdějov přišla velká bída. Do toho vesnici opět napadli Tataři. Při nájezdu Tatarů v r. 1663 se údajně kurdějovští uchýlili za hradby opevněného kostela, kde se spěšně bránili a střelbou způsobili nepříteli značné ztráty. Obyvatelé, kterým se nepodařilo uchýlit za hradby, byli pobiti nebo odvlečeni, dolní část obce i s radnicí, která stála v místech nynějšího hostince, byla vypálena. Část obyvatel se však stačila ukrýt do opevněného kostela, který sice ubránili, ovšem ves opět lehla popelem a spousta lidí byla odvlečena. Roku 1691 tak byla ze 122 domů více než polovina pustých. V roce 1704 navštívili Kurdějov také uherští rebelové. V polovině 17. století bylo v Kurdějově 122 domů (76 neobydlených), v r. 1921 již 212 domů. Žilo zde tehdy 881 Němců, 19 Čechů, 16 cizinců.
Poválečný osud Kurdějova není nijak radostný. V r. 1945 zde žila necelá tisícovka obyvatel, z toho pouze asi 20 Čechů. Veškeré německé obyvatelstvo do konce r. 1947 obec opustilo. Noví osídlenci přišli zejména z okolních obcí a několik rodin i ze vzdálenějších oblastí. V roce 1948 vznikla v Kurdějově jednotřídní škola, o dva roky později bylo ustaveno JZD a obec měla 524 obyvatel. Poměry v obci se vyvíjely velice neutěšeně, část domů zůstala neobydlena, zemědělská půda byla špatně obdělávaná, čímž trpěly zejména vinice, které následkem toho postupně pustly. Život vesnice stagnoval ve všech směrech. Definitivní osud obce mělo zpečetit rozhodnutí o její postupné likvidaci v rámci budování tzv. systému střediskových center. Integrace Kurdějova k Hustopečím snad přinesla postupné změny k lepšímu. Dnes je situace mnohem příznivější a to vše dává optimistické naděje do budoucnosti.